大鹏"孔雀"又开屏 ，登上国际顶尖杂志！

4月26日，中国农业科研的又一项重大成果“3010份亚洲栽培稻基因组变异研究”登上了国际顶尖学术期刊《Nature》（自然）。该论文一共有7位通讯作者和12位共同第一作者，几乎在国际顶尖学术期刊上是史无前例的。科研界对该项目的评价是“由中国科学家主导的，世界范围内的一次大规模、高水平合作”，项目产生的所有数据和测序材料已经通过多个途径对外无条件公开分享。

日前，在该项目的计算部分主要完成地之一、中国农科院深圳农业基因组研究所（大鹏新区），该所研究员阮珏（共同通讯作者）和中国农科院作科所博士生吴志超（共同第一作者）接受了媒体采访。深圳对于这一重大科研成果的支持不仅是资金、技术，还包括了人才等方面。

一

汉字“籼、粳”登上《自然》杂志

2011年9月

中国农科院、国际水稻研究所和华大基因

在深圳共同启动

全球3000份水稻核心种质资源重测序计划

据了解，4月26日《自然》上所刊发的论文是通过对水稻分类和驯化规律进行深入探讨，揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构，剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传多样性。科研人员们通过对3010份亚洲栽培稻进行测序、计算和分析，得出了巨大的数据库；发现了亚洲栽培稻应该至少分为9大类，而不是原来的5类。科研人员现在已经建成了SNP数据库、泛基因组数据库，正在建立水稻功能等位基因数据库，并将最终建立一个更加综合的数据平台。科研人员已将数据简化，方便研究人员根据自己的研究需要和计算能力来利用数据，“我们的工作好比画出了水稻资源地图，地图上标有水稻相关的各种各样的资源，接下来的科研人员就能从里面找到科学育种的科学路径”。

阮珏介绍说，“论文刚发表时还有人开玩笑说，《自然》上出现乱码了。这是我们在国际顶尖学术期刊上首次提出恢复籼（xiān）、粳（gěng）命名方法（注：《新华字典》上“粳”读音jīng，但2011年全国186名水稻专家已联名建议将这个字的发音改为gěng）。我们也呼吁中国相关科研人员今后使用这种方法发表论文，而《自然》也同意将这两个中文字以图片形式打在了论文上面。”

二

参与的深圳科研人员大多是90后

在阮珏的办公室里

他跟吴志超拿着签字笔

在72位全部作者中圈出了10位。

2014年，深圳基因组所刚刚建立，这批科研人员共同加入了该项目的研究。80后的阮珏是年轻的研究员，却年龄最大。据介绍，当时，阮珏刚刚从中国科学院北京基因组研究所调入深圳基因组所，吴志超刚刚读博，还有来自安徽农大的黎珉、中国农大的申飞。团队中年纪最小的张馨媛，当时还只是本科毕业准备出国。

阮珏课题组团队合影

72位全部作者中有10位与深圳农业基因组所有关

这个年轻团队主要负责参与研究计算部分（3010份水稻基因组组装及结构变异检测），“纯计算时间就达5个月，占用了1000个CPU核心，仅仅是存储量就达150T。”每天面对着海量的数据，科研人员还要思考如何进行逻辑分析和处理。“2014年所里刚刚成立，电力系统还不十分稳定，遇到雷暴天气就可能断电，那么就意味着没有保存的数据必须重来。”面对这样的沮丧，这些90后科研人员们选择的是“拍拍桌子”，从头再来。吴志超表示，深圳“IT+BT”融合创新氛围给予了这群平均年龄只有二十六七岁的科研人员展示自己的机会。

三

深圳IT优势在科研中得以充分展现

深圳农业基因组所所长黄三文表示

这是半年以来

基因组所科学家

继《细胞》杂志的第二篇国际顶级文章

进一步奠定了基因组所

和深圳市在国际农业基因组研究中的地位。

在这篇论文末尾致谢中提到，该研究获得了深圳市“孔雀团队”以及科技部、比尔·梅琳达盖茨基金、科技部863项目、中国农业科学院等项目的资助，以及深圳农业基因组研究所超算中心的计算支撑。这篇论文的通讯作者黎志康（中国农业科学院农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程首席科学家）正是深圳市“孔雀计划”所引进的“水稻抗逆、优质分子设计育种团队”的领军人才。

位于大鹏新区的

中国农业科学院深圳农业基因组研究所

阮珏表示，论文的诞生离不开深圳资金、人才的支持。深圳的IT科技优势在这个项目里也得到了体现，他的课题组参与研发的基因组装技术SOAPdenovo和结构变异技术novoBreak都在里面起到了“加速器”的作用。阮珏说，如果没有采用前者，那么整个计算部分的时间将至少翻两番。后者原是应用于癌症领域的人类体细胞突变检测技术，经过修改应用在水稻上。目前，阮珏课题组已研发出三代长序列组装技术SMARTdenovo和WTDBG。

内容来源：深圳商报

编辑：廖厚朋

校对：陆丹

审核：袁剑挺

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